国立清华大学和清华大学之间的差异主要体现在多个方面。首先，两校的英文名称缩写有所不同。国立清华大学的英文名称缩写为NTHU，而清华大学则为THU。其次，在地理位置上，国立清华大学位于中国台湾省的新竹市，而清华大学则坐落在中国北京市。

在主管部门方面，国立清华大学的教育管理由台湾地区教育主管部门负责，而清华大学则隶属于中国教育部。这在很大程度上决定了两校在教育体系、政策制定和资源分配上的区别。

此外，两校的学院设置也存在显著差异。国立清华大学的学院包括理学院、工学院、生命科学院、电机资讯学院和人文社会学院等。而清华大学则设有建筑学院、环境学院、人文学院、美术学院和药学院等。这些差异不仅体现在学科设置上，还体现在师资力量、科研资源和学术氛围等方面。

国立清华大学和清华大学在教育理念、教学方法以及人才培养目标上也有各自的特点。国立清华大学注重理工科教育，强调科学研究和技术创新。而清华大学则更注重文理兼备，强调人文关怀和社会责任。

综上所述，国立清华大学和清华大学虽然名称相似，但在地理位置、主管部门、学院设置以及教育理念等方面存在明显差异。这些差异不仅体现了各自独特的办学特色，也为学生提供了多样化的学习和发展机会。