日本大学一、二、三本的主要区别在于学校的学术声誉、教学质量、师资力量、研究实力以及学费等方面。

首先，在学术声誉方面，一本大学通常具有较高的学术水平和声誉，这些大学往往拥有悠久的历史和优秀的传统，吸引了大量的优秀学生和教师。这些大学的学科设置较为全面，研究实力较强，常常在国内外享有较高的知名度和影响力。相比之下，二本大学的学术声誉略逊于一本大学，但仍然拥有一定的学术实力和特色学科。而三本大学则通常被视为学术声誉相对较低的大学，可能在教学和研究方面存在一定的不足。

其次，在教学质量方面，一本大学往往拥有更加优秀的师资力量和教学资源，能够为学生提供更加全面、深入和系统的专业知识教育。这些大学通常注重培养学生的创新能力和实践能力，为学生提供更多的实践机会和学术支持。二本大学则在教学质量上也有一定的保障，但可能在某些方面与一本大学存在一定的差距。三本大学则可能在教学质量上存在一定的不足，需要更加注重提高教学水平和质量。

再者，研究实力方面，一本大学通常拥有较为强大的研究实力和科研团队，能够在国内外产生一定的影响力和贡献。这些大学往往拥有更多的科研项目和经费支持，能够为学生提供更多的科研机会和实践经验。二本大学在研究实力方面也有一定的表现，但可能在一流科研成果和科研项目上存在一定的差距。三本大学则可能在研究实力方面相对较弱，需要更加注重提高科研水平和实力。

最后，学费方面也是日本大学一、二、三本之间的一个重要区别。一般来说，一本大学的学费相对较高，因为这些大学拥有更好的师资力量和教学资源，同时也吸引了更多的优秀学生。二本大学的学费则相对较低一些，但仍然需要家庭有一定的经济支持。三本大学的学费则可能更加亲民一些，但仍然需要考虑家庭经济状况和自身实力等因素。

综上所述，日本大学一、二、三本在学术声誉、教学质量、研究实力和学费等方面存在一定的差异。选择适合自己的大学需要考虑多方面因素，包括自身实力、兴趣爱好、未来发展等。同时，不同的大学也有不同的特色和优势，需要根据自己的实际情况进行选择。