净室软件工程（CSE）在实践中面临一些挑战。首先，它的理论基础较为深厚，对数学知识有较高的要求，使得学习过程中可能存在理解难度，特别是对于数学基础较弱的工程师来说。

验证CSE的正确性并非易事，其步骤复杂且耗时，特别是对于增量式开发和盒子结构的采用，这需要开发者具备较高的技术水平和实践经验。对于新手来说，这可能是一个陡峭的学习曲线，需要经过专门的强化训练才能熟练掌握。

在开发过程中，CSE小组通常不执行传统的模块测试，这在实际项目中可能导致风险。工程师可能对所使用的编程语言和开发环境还不够熟悉，这增加了出错的可能性。而且，即使是最先进的编译器或操作系统也可能存在未预期的错误，这无疑增加了开发的不确定性。

尽管CSE试图改进传统软件工程，但其本质上仍保留了传统方法的一些局限性。因此，对于CSE的实践应用，需要考虑到其对开发者技能和经验的高要求，以及在特定环境下可能遇到的挑战。为了克服这些缺点，可能需要结合实际项目需求，灵活调整和优化开发策略。