入境携带超过5000美元的处理方式包括以下几点：

1. 携带外币现钞入境，若超过等值5000美元，须向海关申报。如能如实申报，海关将放行。未如实申报或未申报者将面临罚款，金额为外币数额的20%。

2. 短期内多次往返（15天内出境或入境超过一次）的旅客不受上述外币现钞申报规定限制，但所有携带外币现钞入境的旅客都需向海关申报。

3. 出境时，携带外币现钞的上限为每人等值5000美元。超过此限额者需向外汇指定银行或外汇管理部门申请《携带外汇出境许可证》。海关将凭此许可证放行。

4. 出入境人员携带人民币现钞的限额为2万元。超出部分将不予放行。

入境申请流程涉及以下步骤：

1. 提交近期免冠照片一张和填写完整的《中华人民共和国出入境通行证申请表》。

2. 出示居民身份证和户口簿及其复印件。在身份证领取、换领、补领期间，可提交临时身份证和户口簿及复印件。

3. 未满16周岁的申请人需由监护人陪同，并提供监护人同意出境的书面意见、监护人的身份证或户口簿、护照及其复印件。

4. 家工作人员还需提交单位出具的同意出境证明，按照人事管理权限审批后有效。

5. 当地公安机关出入境管理部门可能要求的其他材料。

总结来说，无论是携带外币还是人民币现金，个人出入境时都应确保金额不超过规定的限额，一般为等值5万元人民币。同时，必须如实申报携带的现金数额，否则可能被海关查处并处以罚款。

法律依据：

- 《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第十四条

- 《中华人民共和国海关行政处罚实施条例》第十五条