日本自费留学签证包括4-1-16-3签证和4-1-6签证两种类型。4-1-16-3签证主要针对因语言水平不达标，需先在语言学校学习日语的就学生，此类签证有效期通常为半年。申请过程包括通过保证人申请入学许可证，由保证人向入国管理局申请办理"就学事前审查"手续，并由入国管理局审核后发放"就学生入国事前审查终了证"，随后申请人向公安机关出入境管理部门申请出国护照，最后向日本驻华使领馆提交签证申请材料并获得签证。从1988年起，日本政府对就学生的入境严格限制。

4-1-6签证则针对申请读大学的正式留学生，这类签证有效期通常为1年、6个月或3个月。申请时，保证人需将《入学通知书》和《在留资格认定书》寄给申请人，申请人再持相关证件向公安机关申请护照。申请签证需提交的材料包括留学理由书、个人履历书、誓约书、填写的日本入境签证申请表、申请人与保证人关系证明、申请人最后学校的毕业证书、录取学校的入学通知书、身元保证书、保证人的纳税证明书和申请人的护照及免冠近照等。这些材料齐全后，日本使馆将受理申请。如果保证人已为申请人办理了《在留资格认定证明书》，签证申请将立即被受理；否则，需要等待3个月时间。

总结而言，日本自费留学签证的费用主要体现在签证申请材料的准备、翻译和提交过程中可能产生的费用，以及可能涉及的公证、认证、体检、保险等费用。这些费用的具体数额因个人情况、签证类型、所选学校等因素而有所不同。此外，自费留学过程中还需考虑学费、生活费、交通费、书本费等其他费用。在准备申请材料时，需确保材料的真实性和完整性，以提高签证申请的成功率。