在日本留学签证申请流程中，申请人需要准备以下资料：

1. 在留资格认定证明申请书

2. 外国申请人两张照片

3. 护照复印件

4. 证明代理人资格的证件

5. 入学许可书复印件或其他入学证明材料

6. 申请人履历表

7. 最终学历毕业证明书

8. 日本语学校修业完了证明书及出席、成绩证明书

9. 证明支付在日本停留期间费用的资料

10. 申请人拟在日本学习的内容证明材料

11. 入境管理局要求的其他证明材料

12. 回邮信封（附430日元邮票）

代理申请后，如无问题，代理机构将在2至3星期内向代理人寄出“在留资格认定证明书”。该证明书有效期为6个月。代理人收到后应立即寄给申请人。申请人收到所有材料后即可向日本驻华使馆申请留学签证。