一般归主校管。

对于许多学校来说，它们的分校则通常是作为学校机构的一个分支，与主校构成一个整体，具有相同的财务性质和职能。在这种情况下，分校的公用经费则一般应归主校管理。分校的各类开支或符合预算的项目，都需要经过主校的预算审核和财务审批，然后再下达相应的经费指标，由分校进行资金支出和管理。

特殊情况下，分校是属于独立的法人单位，在法律上具有自主权的话，分校的公用经费则应该由分校自行管理和使用。