淳安县移民局设有多个内设机构，承担着不同的职能。其中，办公室的主要职责包括协助局领导处理机关日常事务，负责对外宣传和联络，制定工作计划和内部管理制度，监督执行并考核干部职工的工作表现。他们还负责库区移民问题的调研，起草重要报告和综合性文件，以及负责机关的文秘、党建、宣传等各项工作。

计划财务科则负责关键的财务管理工作，包括预算编制、决算及财务报表编报，移民直补资金和工程项目的筹集、审核和拨付，以及国有资产的监督和资产管理。他们还会收集财务资料，管理档案，并处理机关内部的财务事务。

移民安置科专注于移民安置事务，处理新安江水库移民遗留问题，编制和管理县内水库移民安置规划，负责库区基金项目。他们还负责小型水库解困工作，协调解决移民安置和政策实施中的问题，处理移民的信访事务，并关注妇女和计划生育工作。此外，所有科室都需完成局领导和上级交办的其他任务。