西班牙公立卡洛斯三世大学的专业体系丰富多样，分为三个主要学院：高级技术学院、社会科学及法律学院以及人文及传媒学院。

在高级技术学院，提供以下课程:

大学本科课程，涵盖5年的工程学位，包括工业工程、电脑工程和电信工程。

3年的工程文凭课程，涉及计算机管理、工业电力等专业，以及电信系统和远程信息处理。

博士课程包括机械工程及商业组织管理、工业技术等，以及计算机科学相关领域如数学工程和电力电子等。

硕士课程设有电子商务专业。

社会科学及法律学院的课程设置包括:

4年制大学本科课程，涉及工商管理、法律、经济学等。

6年制学士硕士连读课程，涵盖法律与工商管理、法律与经济学。

3年制大学文凭课程，涵盖商业研究和公共管理等。

博士课程涉及法律概论、基本权利法和经济学等，硕士课程涵盖欧洲一体化研究和工商管理等多个领域。

人文及传媒学院则设有:

4年制本科课程，包括档案学、人文学和新闻学。

3年的大学文凭课程专攻图书馆管理及档案管理。

博士课程主要集中在档案学和人文学领域，硕士课程内容涉及信息系统。