查理大学包含17个学院：

-天主教神学学院

-新教神学院

-胡斯教派神学院

-法律学院

-第一医学院

-第二医学院

-第三医学院

-Plzeň医学院

-Hradec Králové医学院

-药剂学学院in Hradec Králové

-哲学学院

-自然科学学院

化学学院，生物学院，地理与地质学院，环境科学学院

-数学和物理学院

物理学院，数学学院，计算机科学学院

-教育学院　　

-社会科学学院

经济研究学院，传播与新闻学院，国际研究学院，政治学院，社会研究学院，

-体育运动学院

-人文科学学院