贝桑松国家音乐学院的大学课程设计以灵活度为核心，注重个体发展与集体活动的结合。课程分为多个阶段，以满足不同学生的需求和进度。

第一和第二阶段，学制为4年，可能延长至高级第三和第四学年，具体取决于委员会评估和成绩。学生需完成音乐结业证书(CFEM)后，进入第三阶段。

第三阶段分为4年，分为音乐结业文凭(DEM)和音乐指挥专业。DEM目标是培养职业音乐指挥，需通过录取考试。该阶段分为乐器、舞蹈和音乐教育三个单元，每个阶段结束后颁发相应证书或文凭。学生可在课程中调整学科选择，DEM阶段特别重视获得金奖。

改进班(乐器和歌唱)专为准备奖学金者设立，面向获DEM学位或金奖学生。音乐教育部分，5岁及以上的学龄儿童按地区分配录取，初学者6到9岁无试，10岁以上需通过考试。非初学者则需进行分班考试，DEM文凭持有者除外。

初学者阶段包括6岁至9岁的基础学习，10岁以上需通过考试。舞蹈和成人阶段的音乐教育分为不同的等级，具体划分依据个人整体表现。歌唱课程重视个人发展，通过声乐测试和面试录取，课程包含乐器进修。

乐器部门注重个人和集体教育，通过每周成绩单向父母报告学习进展。初学者需在规定年龄内报名，并通过才能测试。非初学者则需通过考试。

歌唱课程致力于培养歌手的全面技能，包括职业准备和音乐兴趣提升，录取考试是关键，同时要求参与音乐教育基础课程。