日本护照之所以有四种不同颜色，是为了对不同类型的护照进行分类，以便于识别和区分。

1. 深蓝色的普通护照是最常见的类型，面向日本公民发行。这种护照分为5年和10年两种有效期限版本。对于19岁及以下的日本公民，只能获得5年有效期的护照；而对于年满20岁的公民，可以选择获得5年有效期的深蓝色护照，或者10年有效期的红色护照。

2. 红色的公务护照较为罕见，主要发放给国会议员和政府公务员等政府工作人员。

3. 绿色的公民活动护照同样不常见，发放给那些需要参与国际体育、文化、教育等活动的日本公民。

4. 灰色的特殊出入境许可证护照最为特殊，发放给需要特殊出入境许可的特定人员，如外交官、企业家、学者等。

总的来说，日本护照的多样化颜色设计是为了区分不同护照类型，并赋予各自持有者相应的权利和限制。