凉山彝族自治州移民局内部机构设置旨在高效地推进和管理移民工作。局内共有五个主要部门：

第一个部门是办公室（离退休人员工作科），负责综合协调机关日常政务，包括机关管理制度的制定和执行，会议组织、公文处理、文秘工作、政务公开、目标管理、机要档案管理、安全保密、人事工资、离退休人员服务、综合治理、精神文明建设、计划生育、资产管理及后勤保障等。

第二个部门是规划安置科，其职责是执行国家和省、州关于大中型水利水电工程移民迁建安置的政策，指导项目业主的移民安置规划编制，参与规划调查、咨询和评审，监督和协调移民搬迁安置及专项设施建设，确保按照批准计划进行。

第三个部门是后期扶持科，主要负责大中型水利水电工程移民后期扶持的方针、政策的实施，包括移民人口动态管理、后期扶持项目建设以及移民技能和劳动力转移培训的指导和监督。

第四个部门是财务与统计科，根据国家和州的移民资金管理政策，负责资金使用计划的拟订和资金管理规定，进行内部审计，制定移民工作统计制度并执行，同时配合外部监督部门的工作，并处理机关的财务管理工作。

最后一个部门是政策法规与信访科，主要负责移民工作的政策制定和法律法规宣传，处理移民的信访事务，制定应急预案，参与突发事件处理，以及负责机关的普法教育和行政诉讼工作。