中介公司应持有的证件包括：营业执照、税务登记证、企业资质证书、房地产经纪机构备案证明等。

详细解释如下：

1. 营业执照

营业执照是中介公司合法经营的凭证，由工商管理部门颁发。它证明了公司的合法身份和经营范围。中介公司在开展业务前，必须办理营业执照，并在规定的经营范围内从事活动。

2. 税务登记证

税务登记证是中介公司纳税的凭证，也是税务部门对中介公司进行监管的重要依据。中介公司在领取营业执照后，需根据相关法律法规申请税务登记，以便在经营过程中依法缴纳税款。

3. 企业资质证书

企业资质证书是评估中介公司实力和信誉的重要证明。不同行业的中介公司，其资质证书的获取标准和要求也不同。例如，房地产中介公司可能需要获得相关的房地产资质证书，以证明其在该领域的专业性和实力。

4. 房地产经纪机构备案证明

对于从事房地产中介服务的公司，还需要进行房地产经纪机构备案，获得备案证明。这是房地产管理部门对房地产中介公司进行管理的一种方式，也是保护消费者权益的重要措施。

以上证件是中介公司在经营过程中必须持有的证件，它们证明了公司的合法性、专业性、实力和信誉。中介公司在开展业务时，应确保这些证件齐全，并在经营过程中严格遵守相关法律法规，以确保公司的合法运营和客户的权益。