日语本科毕业生希望去日本读研，办理手续主要分为以下几步。

首先，需要联系目标大学。可自行联系，或委托在日朋友代为联络。最佳方式为联系日方大学教授，获得赏识，以助顺利入学。日方教授的支持，使申请过程更为顺畅。

若无法直接联系上教授，可申请进入日本大学预科班过渡，作为本科毕业生，这通常不成问题。接下来，报名合适的学校，并准备支付留学期间的所有费用，可能需提供银行存款证明等文件。

最后，关键在于日本出入国管理局的留学申请审批。若条件满足，应有较高成功率。希望每位有志于赴日深造的学子都能获得理想的结果。