国防大学与国防科技大学在培训性质、内容、生员以及地域级别方面有着显著的不同。

国防大学，作为在职进修培训的高等学府，主要面向高级军官进行晋升培训，其教学内容侧重于军事指挥、管理及战略策划，类似于中央党校的高级培训体系。而国防科技大学则更侧重于国防科技与军事技术的培训，招收高中毕业生为主，培养专业技术人才。

在生员选拔上，国防大学的学员多为各部队推荐的预备副军职以上指挥军官，以及总部机关的参谋军官，并设有硕士和博士研究生的培养计划。国防科技大学则主要招收高中毕业生以及部分技术类的研究生和博士生。

从地域级别来看，国防大学的主校区位于北京，同时在西安、南京设有分校，属于副大军区级别的学府，校长由中将或高配上将担任。国防科技大学则以长沙为主校区，在南京、郑州设有分校，级别为正军级，校长由少将或高配中将担任。总体而言，国防大学在级别上比国防科技大学高半级。