在日本探亲再续签时，需要准备一系列文件。日方亲属需要提供邀请理由书，该文件需加盖私章。还需要提交在日程表，以及在日亲属的身份证资料（若担保人与邀请人非同一人时）。具体而言，若在日亲属为日本籍，则需提供三个月内的住民票；若为非日本籍，则需提供外国人登录原票记载事项证明书。

中方申请人则需准备日本入境签证申请书两份，有效护照，以及三张近期免冠证件照。还需提交身份证及全家人的户口簿复印件，亲属关系公证书原件（三个月内有效），以及有效的暂住证/居住证复印件。根据赴日目的，还需提供其他证明材料，如医院诊断书、结婚会场预定书或受验票复印件。

办理费用方面，大使馆收取200元，其他手续费则由各旅行社自行规定。特别地，如果邀请人为日本国文部科学省奖学金获得者，则除住民票外还需提交国费外国人留学生证明书、奖学金受给证明书或入学许可证中的一项，用以表明国费留学生身份、奖学金支付期间、金额及所属大学的院系等信息。

当申请人超过两人时，需指定一位代表填写个人信息，并制作一份全体申请人的名单表，连同申请材料一同提交。这样可以确保申请流程的顺利进行。