1775年至1783年间，哈佛学院站在支持北美独立战争的立场上，许多著名革命者如约翰·亚当斯，都是其校友。1775年7月3日，乔治·华盛顿在哈佛所在地坎布里奇就任独立战争军队统帅。独立战争后，哈佛为华盛顿等重要领导人授予荣誉学位，并在1780年改扩建为哈佛大学，设立医学教授，自然科学研究逐渐发展。

战争初期，哈佛资金微薄，但战后迅速增长。1805年，哈佛由Henry Ware接管，教育理念开始向世俗化转变。1816年和1817年，神学院和法学院相继成立。1829年，昆西校长倡导理科教育，哈佛理学院和天文台建立，自然科学受到重视。19世纪，哈佛影响力扩大至美国中部和南部，成为研究型大学。

查尔斯·威廉·艾略特担任校长期间，哈佛进行了重大改革，如选修制、小班教学和入学考试，创立了商业管理学院等，奠定了哈佛现代教育模式。20世纪，哈佛地位提升，学生和捐款增加，拉德克利夫学院成为其一部分。洛厄尔和科南特校长时期，分别推动课程改革和奖学金制度，强调基础教育和多元人才培养。

1945年至1960年，哈佛开始接纳更多背景的学生，种族和性别多元化尝试。1953年至1971年，哈佛进行了大规模募捐，提升教学质量和资助。1971年至1991年，博克校长处理了高等教育管理及多元问题，引入现代化管理。20世纪末，女性地位提升，1999年拉德克利夫学院并入哈佛，福斯特成为首位女性校长。现任校长为白乐瑞。