香港中文大学的深圳校区与本部在教学质量上存在一定的差异，本部的教育质量相对较高，而深圳校区的学生毕业后工作两年后一般可以申请留港。

深圳校区是通过联合办学的方式运营的，由香港中文大学和深圳大学共同提供教育资源，培养学生的知识和技能。这与本部的教学模式有所不同，但两校区的学历证书是完全相同的。

在录取分数方面，本部的录取分数较高，这是因为本部提供给学生更多的香港本地求职机会。尽管学费相差不大，均在9万元左右，但深圳校区的热门专业如市场营销、国际商务和经济学等课程，与本部的人文学科有所不同。

总体而言，虽然两校区在很多方面相似，但深圳校区的学生在某些方面可能面临更多的限制，如求职机会等。然而，两校区都致力于为学生提供优质的教育资源，以帮助他们在未来的职业生涯中取得成功。