四川农业大学由三个校区组成，分别是位于雅安市的校本部校区、位于成都温江的成都校区和坐落在都江堰市的都江堰校区，总面积约4500亩。

校本部校区位于雅安市区边缘，占地广阔，几乎占据雅安市区三分之一面积。这里主要进行本科和研究生的教育，涵盖了大部分专业。

成都校区，原为1988年成立的四川农业大学水稻研究所，后迁至温江区，占地850余亩。2005年起，学校整合优势资源，将多个研究机构迁至此地，成立了成都科学研究院，包括农学院、经济管理学院等在内的多个学院和研究所。2008年地震后，学校在温江重建，2010年正式成为成都校区，现有11000多名本科生和1600多名研究生，师资力量雄厚，设有多个科研平台。

都江堰校区位于都江堰市，占地1661亩，被誉为“花园式学校”。它设有城乡建设学院、旅游学院和商学院，以及多个党群行政管理部门和培训机构。校区拥有多个本科和专科专业，师资队伍中有国家突出贡献专家等高级人才。

灾后重建期间，成都校区和都江堰校区都取得了显著成就，提升了办学条件，致力于成为科技创新和人才培养的重要基地，以及科技成果推广和对外交流的窗口。

学校现任领导包括邓良基书记、郑有良校长等，他们在推动学校发展和灾后重建中发挥了关键作用。