首先，需要仔细分析自己在申请东京大学、京都大学和大阪大学大学院研究科时的具体实力，以便确定最佳申请策略。

其次，针对这三个大学的不同研究方向，选择合适的导师进行深入研究。在选定导师后，必须获得其同意，这是申请过程中的重要一步。

一旦得到导师的认可，接下来就是向大学院研究科提交正式申请，并附上相关材料。需要注意的是，京都大学的申请过程较为复杂，需要通过AAO的审核。

在大学院研究科审核通过后，需要前往日本参加入学考试。只有考试合格，才能获得入学许可。之后，还需提交一系列材料以申请在留资格。

最后，在留资格获得批准后，就可以申请签证前往日本了。虽然整个过程看似简单，但其中的细节和微妙之处，需要你自己去深入体会。