北京大学医学部的临床医学博士毕业生待遇如何，确实值得讨论。尽管具体的薪资数据我不清楚，但可以肯定的是，在北京这样的大城市，待遇水平应该是不错的。不过，相比上海交通大学医学院，北京大学医学部的临床医学博士毕业生的起薪可能要略低一些。

上海交通大学医学院在临床医学领域享有盛誉，长期占据国内顶尖位置。该校拥有一流的师资力量，这无疑为学生提供了优质的教育资源。此外，上海交通大学医学院还拥有众多三甲医院作为实习和就业基地，这使得毕业生更容易找到优质的工作岗位。

当然，北京大学医学部也有其独特的优势。学校在基础医学、公共卫生等领域具有深厚的学术积淀，为学生提供了广泛的学术研究机会。而且，北京大学医学部与多家知名医院保持着密切合作关系，为学生提供了良好的实习和就业平台。

总体来说，无论是北京大学医学部还是上海交通大学医学院，临床医学博士毕业生都能够在各自的领域获得不错的就业机会和发展前景。当然，这些因素会受到个人能力、机遇以及市场需求等多种因素的影响。

值得注意的是，待遇水平不仅仅取决于学校的名气，还与个人的专业能力、实习经验以及工作地点等多种因素有关。因此，毕业生在选择就业方向时，应综合考虑多方面因素，做出最适合自己的选择。

综上所述，北京大学医学部的临床医学博士毕业生在待遇方面，虽然可能略逊于上海交通大学医学院，但在北京这样的大城市，依然能够获得较好的发展机会。