日本留学博士申请条件较为严格，除了需要硕士成绩单、三封学校老师的推荐信及详细的个人陈述外，还需要通过语言考试，包括雅思和托福以及日本语成绩。值得注意的是，日本承认中国的硕士学历，但博士入学通常需要通过考试，考试地点一般在日本，因此需要提前获得签证。大多数情况下，申请流程是先与教授联系，获得教授支持后申请研究生，成功后获得签证赴日，半年或一年后参加入学考试。

在申请过程中，如果想转专业，只要有充分的理由和基础知识，让教授相信你能够完成学业，在教授接受你的前提下，是可以转专业的。此外，博士阶段的奖学金机会较多，尤其是国立大学，博士阶段基本上都有奖学金。留学生还可以申请学费减免，越好的大学，留学生越少的大学，学费减免的机会越多。

关于奖学金，日本政府提供的最高待遇的奖学金被称为国费，其待遇包括免学费、每月16万左右的奖学金及每年提供回国往返机票两张。申请国费奖学金的方法有两种，一种是通过联系的日本教授申请，另一种是通过中国留学基金委申请。后一种方式要求学历硕士，需经常关注基金委网站。此外，还有其他种类的奖学金可供申请。

中介服务在留学过程中也较为常见，但鱼龙混杂，黑中介比例不低。有些中介通过欺骗教授的方式获得认可，如谎称有托福成绩或日语水平等，一旦到达日本后，还需经历一段时间的研究生阶段。近年来，被教授发现“货不对版”而被勒令退学的例子屡见不鲜。此外，中介收取的费用较高，甚至有些中介向学生收取“教授好处费”。因此，建议留学生自己一步步谨慎认真地办理，以避免出现较大问题。

总的来说，赴日读研的签证率较高，不必过于担心手续问题。但在选择中介时，务必谨慎，以免造成不必要的麻烦和损失。