办理杭州港澳通行证费用如下：

往来港澳通行证：100元/证

一次有效签注：20元/签注

二次有效签注：40元/签注

1年以下多次有效签注：100元/签注

3年多次有效签注：300元/签注

1-2年多次有效签注：150元/签注

2-3年多次有效签注：200元/签注

总计费用根据您选择的签注次数及有效期计算，详细费用请咨询杭州出入境管理部门。办理前请确保您的身份信息完整且有效，以避免不必要的麻烦。