云南农业大学，共有20个学院，学科专业广泛，涵盖生物技术、农学、种子科学与工程、智慧农业、中草药栽培与鉴定、动物科学、蜂学、水产养殖学、草业科学、动物医学、兽医公共卫生、农学与生物技术、植物保护与生物农药、林业科学、园艺、茶学、农学与经济作物、食品科学与工程、生物信息学和农业工程等。

其中，国家级特色专业有生物技术、农学、园艺、茶学、动物科学、植物保护。国家级卓越工程师教育培养计划建设专业包括水利水电工程、农业机械化及其自动化。

省级特色专业包括农学、食品质量与安全、蜂学、水利水电工程、农业机械化及其自动化等。省级重点建设专业有生物技术、植物保护、水利水电工程、动物科学、农业资源与环境等。

云南省卓越工程师教育培养计划建设专业有水利水电工程、农业机械化及其自动化、机械设计制造及其自动化、土木工程等。学校在五华校区、普洱校区、西双版纳校区设有教学点。