A、质粒是一种裸露的、结构简单、独立于细菌拟核DNA之外并具有自我复制能力的双链环状DNA分子，通常作为基因工程载体，A正确；

B、质粒作为载体的原因：能自我复制，具有一个至多个限制酶切割位点（便于切割后与目的基因连接），有特定标记基因，B错误；

C、载体中的标记基因能够表达特定性状，供重组DNA的鉴定和选择，C错误；

D、天然的噬菌体不能直接作为载体，基因工程中用到的噬菌体都是在天然噬菌体的基础上进行过人工改造的，D错误．

故选：A．