芜湖市交通局内设机构涵盖多个部门，负责不同领域的管理和协调工作。以下为各机构的主要职责：

(一) 办公室

负责全局性报告、文件的起草，组织安排全局性会议，协调机关各科室工作。此外，还负责政务信息、保密、信访、档案、机关车辆管理以及内部安全保卫工作，办理相关议案和提案事宜，处理领导交办的事务。

(二) 工程管理和质量监督科

负责交通基础设施发展规划和工程固定资产投资计划的编制，推行相关项目制度，确保工程质量。同时，负责县乡公路管理、养护、建设以及资金管理，组织重点工程建设，协调外部环境。

(三) 财务审计科

执行财务管理制度，管理交通行业票证、国有资产，筹集、管理交通建设基金，负责所属单位内审和机关经费使用管理。

(四) 法规和运输管理科（安全科、市交通战备办公室）

负责交通运输行业发展规划、道路、水路运输行业管理，审核客运班线，管理汽车维修、租赁、施工场地运输机械及交通职业技术培训。此外，还负责节能、环保、交通技术、防汛工作、统计、社保，指导交通体制改革，管理河交通安全、汽车场站、道路安全设施和施工安全，负责危险品运输安全。

(五) 纪委（监察室）

负责市交通局所属范围内的纪检、监察工作，根据相关法律法规执行监督职责。

(六) 审批许可科

审核专用公路规划，批准公路建设项目施工，发放危险货物运输经营上岗资格证，与市行政服务中心联系协调，管理整个窗口工作。