生物农药与化学农药相比，其有效成分来源，工业化生产途径，产品的杀虫防病机理和作用方式等诸多方面，有着许多本质的区别。选择性强，对人畜安全。目前市场开发并大范围应用成功的生物农药产品，它们只对病虫害有作用，一般对人、畜及各种有益生物比较安全，对非靶标生物的影响也比较小。

对生态环境影响小。生物农药控制有害生物的作用，主要是利用某些特殊微生物或微生物的代谢产物所具有的杀虫、防病、促生功能。其有效活性成分完全存在和来源于自然生态系统，它的最大特点是极易被日光、植物或各种土壤微生物分解，是一种来于自然，归于自然正常的物质循环方式。因此，可以认为它们对自然生态环境安全、无污染。可以诱发害虫流行病。

一些生物农药品种（昆虫病原真菌、昆虫病毒、昆虫微孢子虫、昆虫病原线虫等），具有在害虫群体中的水平或经卵垂直传播能力，在野外一定的条件之下，具有定殖、扩散和发展流行的能力。不但可以对当年当代的有害生物发挥控制作用，而且对后代或者翌年的有害生物种群起到一定的抑制，具有明显的后效作用。

可利用农副产品生产加工。目前国内生产加工生物农药，一般主要利用天然可再生资源，原材料的来源十分广泛、生产成本比较低廉。因此，生产生物农药一般不会产生与利用不可再生资源生产化工合成产品争夺原材料的矛盾，有利于人类自然资源保护和永久利用。生物农药虽然具有许多化学农药难以具备的优点，但生物农药产品与化学农药相比，也存在许多本身固有的弱点，比如起效慢、易受温湿度等条件影响、作用成分复杂等。在当前菜农习惯使用化学农药的情况下，生物农药的这些缺陷被放大，好东西菜农却不会用，影响了生物农药的推广和应用。