学院现行编制等级为正军级，下设训练部、政治部、院务部、科研部（军事理论研究所）、战役战术系、指挥与参谋系、政治工作系、后勤与装备系、作战模拟系、外训系、学员大队、研究生管理大队、战役训练与理论研究班、干休所，直属分队有教学保障队、通信勤务队和汽车队。

现设有涵盖军事思想、军事历史、战略、战役、战术、作战指挥、军事运筹、军事教育训练、军队管理、军队政工、后勤、装备、思想政治教育、计算机应用等领域的21个学科专业。 学院创办有《空军军事学术》、《外国空军军事学术》、《空军领航》等学术期刊，其中《空军军事学术》是全军军事学核心期刊，在军内享有较高声誉。