A、标在分子符号前面的数字表示分子的个数，3SO₂中的“2”表示1个二氧化硫分子中含有2个氧原子，不能表示分子个数，故选项说法错误．

B、标在元素符号右上角的数字表示离子所带电荷数，Mg²⁺、O^2-中的“2”分别表示一个镁离子带有两个单位的正电荷、一个氧离子带有两个单位的负电荷，表示离子所带电荷数的是②⑤，故选项说法正确．

C、标在元素符号正上方的数字表示该元素化合价的数值，

+2

Cu

SO₄中的“2”表示硫酸铜中铜元素的化合价为+2价，表示化合价数值的是④，故选项说法正确．

D、标在化学式中元素右下角的数字表示一个分子在所含原子的数目，①3SO₂、③CO₂与⑥H₂O₂中的“2”分别表示1个二氧化硫分子中含有2个氧原子、1个二氧化碳分子中含有2个氧原子、1个过氧化氢分子中含有2个氢原子、2个氧原子，表示一个分子中含有某种原子个数的是①③⑥，故选项说法正确．

故选A．