二者学校性质不同和招生范围不同的区别。

1、学校性质不同：北大附中西三旗学校属于公立学校，新馨学校属于私立学校。

2、招生范围不同：北大附中西三旗学校向西三旗学区、清河学区、青龙桥学区、上地学区招生，新馨学校的招生范围是温泉苏坨学区。