连云港职业技术学院王牌专业有建筑工程技术、化学制药技术、数控技术应用、计算机信息管理等。其中，建筑工程技术、化学制药技术、数控技术应用、计算机信息管理被列为省重点专业。另外，药品生产技术作为《高等职业教育创新发展行动计划（2015—2018 年）》项目认定的骨干专业和国家重点建设专业，具有较高的地位。

学院开设的专业涵盖了机电工程、医药与化学工程、公共管理、商学院、信息工程、艺术与旅游、建筑工程、外国语等多个领域。机电工程学院开设有数控技术、机电一体化技术、模具设计与制造、电子信息工程技术、电气自动化技术、汽车技术服务与营销等专业；医药与化学工程学院则设有化学制药技术、生物制药技术、应用化工技术、工业分析与检验、药品质量检测技术等专业；公共管理学院则开设了文秘、新闻采编与制作、人力资源管理、海事管理、社区管理与服务、广告媒体开发等专业。

商学院开设了国际贸易实务、报关与国际货运、物流管理、港口业务管理、营销与策划、连锁经营管理、会计与审计、税务、园艺技术、城市园林等专业；信息工程学院则设有计算机应用技术、计算机网络技术、软件技术、智能监控技术、电子商务、网络营销等专业；艺术与旅游学院则开设了服装设计、电脑艺术设计、环境艺术设计、影视动画、室内设计技术、旅游管理、酒店管理等专业；建筑工程学院则有建筑工程技术、港口工程技术、工程监理、工程造价、建筑装饰工程技术、建筑设计技术、市政工程技术等专业；外国语学院则提供航空服务、商务英语、应用韩语、商务日语等专业。