原生动物的运动器官主要有鞭毛、纤毛。根据调查相关公开材料，原生动物是单细胞个体或单细胞群体，细胞内具有完成各种生理功能的胞器。鞭毛、纤毛是运动器；胞口、胞咽、胞肛是营养胞器；眼点是感光胞器。