果实结构中包含果皮与种皮，二者在位置、来源及结构上有显著区别。果皮为果实最外层，如苹果外皮，属于子房壁分化、发育而成的结构。

而种皮位于种子外部，围绕种子，如苹果核外层，由胚珠珠被演变形成。两种皮的来源机制不同，进一步区分了它们在果实中的位置。

果皮与种皮的结构也有明显差异。种皮在不同植物分类中呈现不同构成，裸子植物和合瓣花类的种皮由一层构成，离瓣花类及单子叶植物的种皮则由两层组成。两层种皮可进一步分为内种皮和外种皮。与此相对，果皮在成熟状态下通常分为外果皮、中果皮、内果皮三层。但因果实类型多样，三层果皮结构会有所变化。