北京交通大学附属中学拥有三个校区，分别是北校区、南校区和东校区。北校区和南校区通常被称为学校的校本部，因为它们执行统一的招生政策。一年级、二年级、高一年级和高二年级的学生在北校区就读，而三年级和高三年级的学生则在南校区。小升初的招生范围包括一、二、三、四学区。

东校区则以美术特色教育为特色，单独招生，招生范围涵盖区域二和通过网络报名的美术特长生。虽然这些特长生在招生时被单独考虑，但他们在进入学校后并不会被单独分班，而是会在学习和考试中接受专门的美术专业课程。

北校区作为校本部，其教育理念和课程设置都保持一致，确保学生能够在一个统一的平台上接受高质量的教育。南校区则主要为初三和高三学生提供更加集中的学习环境，帮助他们更好地准备中考和高考。

东校区则提供了独特的艺术氛围，让美术特长生能够在专业老师的指导下，充分发挥自己的艺术才能。无论是北校区、南校区还是东校区，每一所校区都致力于为学生提供最适合他们发展的教育环境。

每个校区都有其独特的功能定位和学生群体，北校区作为校本部，负责提供基础教育；南校区则更加注重学生的升学准备；而东校区则专注于培养学生的艺术才能。这种多校区的设置，不仅能够满足不同学生的需求，还能为学生提供更广阔的发展空间。