蛋白质由肽链组成，肽链由氨基酸组成，氨基酸由中心碳、羟基、羧基和R基组成，这些基团由原子组成，原子由核子和电子组成，核子和电子由夸克组成，目前所知的最小单位是夸克。

但是一般说蛋白质的最小单位是氨基酸。