物质通过细胞膜出入细胞的方式大致有三种：自由扩散、协助扩散及主动运输。自由扩散指的是物质从高浓度一侧向低浓度一侧转运的过程，无需载体，也不消耗能量。此方式常见于氧气、二氧化碳、甘油分子通过细胞膜的转运。

协助扩散是在物质从高浓度一侧向低浓度一侧转运的过程中，需要载体的协助，但不消耗能量。葡萄糖分子进入红细胞即属于此类。主动运输则更为复杂，物质可以逆浓度梯度进行转运，即从低浓度一侧向高浓度一侧转运，如小肠绒毛上皮细胞吸收氨基酸、葡萄糖。主动运输方式需消耗能量。

对于大分子物质如蛋白质和颗粒状物质的进出细胞，则通过内吞和外排作用完成。内吞作用是细胞主动吞噬外部物质，将其包裹在囊泡中，然后运送到细胞内进行处理或分解。外排作用则是细胞将自身产生的大分子物质或废物，通过特定的方式排出细胞，例如分泌细胞将酶等大分子物质排出细胞。