A、眼虫属于单细胞动物，有细胞结构，故不正确；

B、草履虫属于单细胞动物，有细胞结构，故不正确；

C、噬菌体（寄生在细菌细胞里的病毒），病毒没有细胞结构，故正确；

D、细菌都是单细胞的，有细胞结构，故不正确．

故选B