大余县城市管理局内设机构包括多个职能股室，以高效管理城市事务和提升城市形象。

首先，办公室是管理局的核心，负责机关的日常运行协调，包括会议组织、文稿起草和监督重大事项执行。它还管理人事、劳资工作，并对各股室进行业务考评。办公室还负责行政监察，保持信息畅通，推动机关精神文明建设，并负责对外联络、接待、宣传和财务管理工作。财政预算、资金使用监督以及统计与审计也是其重要职责。

其次，市容市貌督查管理股专责城市市容和环境卫生监管，协调各部门推进城市管理，参与创建卫生城市等工作，并进行监督和考核。股室负责城区单位庭院环境整治指导，城市管理执法协调，以及规范执法人员行为和行政复议等工作。此外，它还负责户外广告、店招牌匾的审批和城区夜景亮化管理。

再次，市政工程管理养护股专注于市政工程和园林绿化管理，指导镇村配套设施的维护，参与市政建设规划和验收。股室与园林处合作监督绿化工程，审查古木和城市雕塑，以及道路占用审批与修复。同时，它负责城区排水许可监督和排水许可证发放。