南方医科大学的录取分数线在不同省份和地区表现出明显的差异。在广东，本科批历史类的最低分为551分，最高分高达594分，物理类最低578分，最高则为658分。地方专项批中，历史类最低509分，最高534分，物理类最低525分，最高586分。

在北京，投档线为557分至635分不等，天津的分数线较高，最低601分，最高680分。在浙江，投档线为594分至669分，山东最低566分，最高646分。湖南历史类最低548分，最高581分，物理类最低593分，最高642分。

河北物理类最低573分，最高633分，历史类最低564分，最高587分。辽宁物理类最低560分，最高652分，历史类最低552分，最高588分。河南理科最低566分，最高641分，文科最低546分，最高587分。

广西理科最低596分，最高644分，文科最低551分，最高607分。云南理科最低571分，最高671分，文科最低580分，最高628分。四川理科最低535分，最高651分，文科最低565分，最高581分。

特别值得注意的是，重庆本科批物理类临床医学（本硕博连读）的最高分数线为647分，中西医临床医学为599分，应用统计学（生物统计）最低为547分。历史类中，中医学的最高分是572分，健康服务与管理的最低分则是533分。