安徽师范大学科研处下设文科科研管理科与理科科研管理科，分别负责人文社科类与自然科学类的科研管理工作。两科室均在科研处处长和分管副处长领导下，制定并实施科研发展规划与年度计划，完善相关规章制度，申报与管理科研项目，负责成果鉴定、评奖、知识产权保护及科技服务，统计与汇编科研成果，考核科研业绩与评选学术带头人，完成领导交办的其他任务。

文科科研管理科专注于人文社科类科研管理，负责纵向、横向科研课题项目的申报与管理，成果鉴定与评奖，知识产权保护与科技服务，统计与汇编研究项目与成果，以及教师科研业绩考核与学术带头人的评选。

理科科研管理科则专注于自然科学类科研管理，负责自然科学类纵向、横向科研课题项目的申报与管理，科技成果的鉴定、评奖、知识产权保护与推广转化，统计与汇编研究项目与成果，以及教师科研业绩考核与学术带头人的评选。

此外，学科建设办公室作为校学科建设领导小组和学术委员会的日常办事机构，主要负责协调全校学科建设的日常工作，学术委员会办公室日常事务工作，制定与规划学校各学科发展，申报与管理科研基地、重点研究基地、重点实验室，申报与管理各级重点学科，负责学科科研团队与学科实验中心建设与管理，制定与落实学术及教学骨干的资助与激励政策，以及校内外学科建设的协调工作。