北师大珠海校区和北师大在办学层次上存在显著差异。北师大珠海分校与北京师范大学有所区别，前者由北京师范大学与珠海市人民政府共同筹办，是独立学院，主要在广东省内招收本科生，属于本科二批A类。而北京师范大学作为中华人民共和国教育部直属、中央直管副部级建制的全国重点大学，是具备双一流资格的重点高校，即985和211大学。可见，两校在办学层次上存在显著区别。

在地理位置上，北师大珠海分校位于广东省珠海市，占地面积为5000亩，而北京师范大学坐落在北京市海淀区，占地面积大约50000平方米。由此可见，北京师范大学的办学规模比北师大珠海分校更为广阔。

值得注意的是，尽管北师大珠海分校作为北师大的一个分校，但毕业生所获得的毕业证书有所不同。珠海分校的毕业证书上会明确标注珠海分校，而北京师范大学的毕业证书则不会包含此类信息。