原因主要包括：

1、地理位置和经济发展水平的不同。上海交大坐落于国际大都市上海，具备吸引优秀师资和生源的天然优势。上海作为经济发达区域，能为学校提供充足的经费支持和产学研合作机会，而西安交大虽然位于重要城市西安，但在吸引优秀人才和资金方面相对较为薄弱。

2、政策支持和经费预算的不同。上海交大获得的政策支持和经费预算普遍高于西安交大，这在科研资源和硬件设施方面表现得尤为明显。上海交大的科研设备和实验室条件更为优越，科研项目和资金的获取也更为容易。

3、合并和发展路径的不同。2000年后，上海交大通过合并上海第二医科大学等优质院校，实力显著增强，进一步拉大了与西安交大的差距。而西安交大在同期由于没有合并到优质院校，加之陕西财政的限制，发展相对滞后。

4、社会声誉和校友网络的不同。上海交大的知名度和声誉在国内外享有较高评价，校友网络也更为广泛，这为学校带来更多的社会资源和合作机会。相比之下，西安交大的社会资源和校友网络相对较少，影响了学校的发展。

5、学科设置和教学资源的不同。上海交大在医学、工程等专业领域拥有显著优势，学科设置更为丰富，教学资源也更为充足。西安交大虽然在工科方面也有较强的实力，但在某些领域与上海交大相比仍存在差距。

综上所述，上海交大之所以能够超过西安交大，主要是由于地理位置、政策支持、合并发展、社会声誉和学科设置等多方面因素共同作用的结果。