临床医学专业是一个长期的学习过程，整个学习周期为八年，分为四个主要阶段。每个阶段都为学生提供了不同的知识和技能训练，帮助他们成长为合格的医生。

第一阶段是医学预科阶段，为期五个学期，学生在清华大学进行学习。这一阶段的学习旨在为学生打下坚实的基础，让他们更好地理解医学的基本概念。

第二阶段是基础医学阶段，共三个学期，学生继续在清华大学校本部基础学院学习。在此阶段，学生将学习人体解剖学、组织胚胎学、生理学、微生物学、寄生虫学、医学免疫学、医学遗传学、药理学、分子生物学和医学统计学等课程。

第三阶段是临床医学阶段，包含见习，共有四个学期，学生在此阶段继续在校本部临床学院进行学习。这一阶段的学习让学生有机会将理论知识应用于实践，提高临床技能。

第四阶段是临床实习及科研训练，共四个学期，其中最后八个月为科研训练课时间。学生必须在博士生导师的指导下，独立完成一项科研题目并通过答辩，以确保他们具备独立进行科学研究的能力。

协和临床医学专业的毕业生将获得清华大学和北京协和医学院两个公章的毕业证书和学位证书。在完成在清华大学生命科学学院两年半的学习后，他们还将获得清华大学的学士学位。