目前，西北工业大学太仓校区已确定的部分学院包括软件学院、微电子学院、网安学院、民航学院和航海学院（海洋学院），以及材料学院（清洁与可再生能源学院）和管理学院（商学院和国际设计学院）。此外，校区还设有长三角研究院。

根据建设世界一流大学的战略部署，太仓校区计划建设包括民用航空学院、柔性电子学院和商学院在内的十个学院，以及三个研究中心、一个部门和一个培训中心。具体专业设置方面，将包括飞行器适航技术、飞行器环境与生命保障工程等十七个本科专业，大约二十个硕士学位授权点，以及十个博士学位授权点。同时，还将建设国家重点实验室一个、国防科技重点实验室一个和江苏省重点实验室十个。

学院和专业的设置旨在满足现代社会对高端技术人才的需求，特别是在航空、电子、管理等领域的研究与教育。这些学科的设置不仅涵盖了理论学习，还注重实践能力的培养，以确保学生能够在未来的职业生涯中具备竞争力。

随着太仓校区的不断发展和完善，未来还将有更多的学院和研究中心陆续入驻，为学生提供更广阔的学习和研究平台。此外，校区还将加强国际合作与交流，引进国际先进的教育理念和教学方法，不断提升教育质量和科研水平。