吉林农业大学是一个具备博士、硕士学位授予权的高等学府。学校拥有多元化的学科布局，涵盖了广泛的领域。

学校设有农学院、园艺学院、动物科学技术学院、资源与环境学院、中药材学院、工程技术学院、食品科学与工程学院、生命科学学院、信息技术学院、经济管理学院、人文学院、外国语学院、国际交流学院（筹建）以及成人教育学院，共计14个学院。另外，学校在长春双阳区还设有二级学院吉林农业大学发展学院。此外，还设有军体教研部、研究生部和教育技术中心。

学校的专业设置丰富多样，共有56个本科专业。同时，学校还拥有51个硕士学位授权学科，2个博士学位一级授权学科，17个博士学位二级授权学科，以及7个博士后科研流动站。其中，学校还拥有一个国家重点（培育）学科，3个部级重点学科，和10个省级重点学科。