如果是生物制药的话，考虑江南大学吧。从这几年的发展来看，制药工程本科点以及微生物与生化药学硕士点最开始属于生物工程学院，在2007年分出，与护理专业合并成为医药学院，随后又与该专业分开独立成为药学院，现在建有“制药工程与技术”二级学科博士点，并是发酵工程博士学位点生物制药研究方向的承担单位；同时拥有“药学”一级学科学术型硕士点和“制药工程”专业硕士点，形成了本科、硕士、博士、博士后相结合的完整的制药工程专业人才培养体系。这样看来整个生物制药方向逐渐自成体系且逐渐壮大。

而苏州大学并没有专门的制药方向的学院而是依托于别的学科，你想考生物制药方面，就专业度来讲江南大学都是很不错的选择。

除了专业方面，另外江南大学的校舍和教学设施也大都是这几年新建的，比较不错。

本人江大制药工程专业毕业，相对比较了解吧。