复旦大学目前拥有四个校区，分别是邯郸路校区、枫林校区、桃仙张江校区和新江湾城新校区。

邯郸路校区，作为复旦大学的主校区，通常被称为“本部”。它位于上海市杨浦区的邯郸路220号，靠近著名的五角场区域。该校区的历史可以追溯到1922年，当时私立复旦大学从徐家汇的李公祠迁入此地。经过1952年的院系调整后，校园面积逐渐向东和向南扩展。如今，邯郸路校区占地约922297平方米，合1383亩，分为东、南、北、中四个区域。

枫林校区，位于徐家汇东侧的医学院路138号，也被称为医学院校区。它因所在地徐汇区的枫林桥地区而得名，是原上海医科大学的旧址。枫林校区占地288亩，是复旦大学除药学院外各医学院系的所在地，包括基础医学院、公共卫生学院和护理学院。由于东安路穿过校区，枫林校区被分为东苑和西苑，护理学院则位于枫林路305号。

桃仙张江校区位于张衡路825号，是一个由复旦大学与上海张江(集团)有限公司合作共建的项目。该项目在张江高科技园区内建设，旨在打造一个以研究和应用为主、面向产业、资源共享的高等教育校区，是上海“产学研”高地的重要组成部分。

新江湾城新校区位于淞沪路2500号，它是2000年复旦大学与上海医科大学合并后新建的校区。复旦大学起源于1905年的复旦公学，1917年正式定名为复旦大学。上海医科大学前身是1927年创办的国立第四中山大学医学院，1932年定名为上海医学院，1985年改名为上海医科大学。2000年合并后，复旦大学进一步拓宽了学科格局，增强了办学实力，现已成为涵盖哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类的综合性研究型大学。