最大的区别就是物电同源电子公章使用了物电同源技术，是通过全国电子印章管理与服务平台统一管理、统一制发、统一备案、统一核验，是基于全国印章数据库的实物印章备案信息发行的电子印章，有公安部第三研究所出具具备司法效力的备案证明，与实物印章一样具有同等法律效应。而其他电子公章是基于CA数字认证，模拟传统实物印章形成的电子公章，缺乏统一标准，但同样与实物印章一样具有同等法律效应。