投资学、工商管理、市场营销和城市管理等专业学费为23000元/学年；国际经济与贸易、汉语言文学、英语、商务英语、广告学、应用化学、应用心理学、电子信息工程、通信工程、光电信息科学与工程、计算机科学与技术、网络工程、智能科学与技术、数据科学与大数据技术、环境科学、食品科学与工程、生物工程、信息管理与信息系统等专业学费为24000元/学年；土木工程、工程造价、产品设计、服装与服饰设和数字媒体艺术等专业学费为25000元/学年。

闽南科技学院是民办大学，由于是自筹资金办学，学费与公立大学相比一般都比较贵，闽南科技学院有两个校区，美林校区住宿费为1200元/学年，康美校区住宿费为1400元/学年。家庭条件困难的学生，可以选择国家助学贷款。

闽南科技学院中比较好的专业有光电信息科学与工程、食品科学与工程、应用化学、生物工程、计算机科学与技术、环境科学。